Pelaksanaan program baik pengembangan infrastruktur maupun kualitas peserta didik, pengelola madrasah mengadakan usaha-usaha yang sifatnya prioritas. Hal ini dikarenakan oleh faktor finansial maupun oleh sifat kebutuhan itu sendiri. adapun prioritas yang dicanangkan oleh MA Al Falah Margoyoso Kalinyamatan adalah sebagai berikut :
- Meningkatkan kualitas akademik.
- Menyiapkan siswa menjadi insan muslim yang beriman dan bertaqwa kepada Tuhan Yang Maha Esa dan memiliki kompetensi akademik.
- Tersedianya prasarana dan sarana kegiatan belajar mengajar yang memadai.
- Peningkatan kualitas lembaga Madrasah Aliyah Al Falah Margoyoso Kalinyamatan
